全国赛由大赛办公室牵头组织,参赛者为各地方赛评选并推荐的优胜企业。全国赛入围企业共1000家左右,其中初创企业组约300家,成长企业组约700家。全国赛分为新一代信息技术、高端装备制造、新材料、生物医药和新能源、新能源汽车、节能环保等五类行业方向,分别进行半决赛和决赛,按初创企业组和成长企业组比赛。全国赛采用线下路演和现场答辩方式进行比赛,主要邀请投资专家担任评委对参赛企业进行评价和打分。全国赛半决赛评选出优胜企业400家左右,其中前100家进入全国赛决赛,全国赛决赛分别评选出五类行业方向的前三名。全国赛年终颁奖活动将组织评选和公布第十三届中国创新创业大赛“创新创业50强”等各类排名和奖项。